Für die gesonderte Feststellung des Gewinns ist bei gewerblichen Betrieben mit Geschäftsleitung im Inland das Finanzamt zuständig, in dessen Bezirk sich die Geschäftsleitung befindet. Bei gewerblichen Betrieben ohne Geschäftsleitung im Inland das Finanzamt, in dessen Bezirk eine Betriebsstätte – bei mehreren Betriebsstätten die wirtschaftlich bedeutendste – unterhalten wird. Neben der Gewinnfeststellung bei gewerblichen Unternehmen ist das Betriebsfinanzamt für die Festsetzung und Zerlegung der Steuermessbeträge bei der Gewerbesteuer zuständig.

Vom Betriebsfinanzamt ist das Betriebsstättenfinanzamt abzugrenzen. Dies ist das Finanzamt, in dessen Bezirk sich die Betriebsstätte eines Unternehmens befindet. Dieses Finanzamt ist für die Anmeldung und für die Abführung der Lohnsteuer zuständig.

Für die Erhebung der Körperschaftsteuer ist das Geschäftsleitungsfinanzamt verantwortlich. Dies ist das Finanzamt in dessen Bezirk sich die Geschäftsleitung des Unternehmens befindet. Befindet sich die Geschäftsleitung nicht im Inland, ist das Finanzamt zuständig, in dessen Bezirk das Unternehmen seinen Sitz hat.